Jan Szkodoń urodził się 19 grudnia 1946 r. w Chyżnem (pow. Nowy Targ). Szkołę podstawową ukończył w rodzinnej miejscowości w 1960 r. Do liceum uczęszczał w Jabłonce. Po maturze, którą zdał w 1964 r., wstąpił do Krakowskiego Seminarium Duchownego. Święcenia prezbiteratu otrzymał z rąk kard. Karola Wojtyły w Jabłonce 22 marca 1970 r.
Po święceniach pracował przez 2 lata jako wikariusz w Makowie Podhalańskim, a następnie przez jeden rok w parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Krakowie – Borku Fałęckim.
W latach 1973 – 76 studiował na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, w Instytucie Pastoralnym (teologia i pedagogika rodziny). Studia ukończył doktoratem (praca doktorska: Nierozerwalność małżeństwa jako problem duszpasterski Kościoła w Polsce w latach 1946 – 1970).
Po powrocie z KUL pracował w Kurii jako sekretarz Synodu Archidiecezji Krakowskiej. Prowadził też wykłady na Papieskim Wydziale Teologicznym (później – Papieska Akademia Teologiczna) z teologii pastoralnej i z teologii życia wewnętrznego.
W 1979 r. został mianowany ojcem duchownym w Krakowskim Seminarium Duchownym. Zastąpił księdza Stanisława Nowaka, który został rektorem. Posługę ojca duchownego łączył z prowadzeniem rekolekcji Ruchu Światło-Życie, Grup Apostolskich i rekolekcji parafialnych.
Dnia 4 czerwca 1988 r. został konsekrowany na biskupa. Jest biskupem pomocniczym i wikariuszem generalnym Metropolity Krakowskiego. Należał do Komisji Episkopatu (ds. misji, ds. KUL, Komisji Duchowieństwa).
10 marca 2022 r. Papież Franciszek przyjął rezygnację z urzędu biskupa pomocniczego Archidiecezji Krakowskiej w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego.
Napisał wiele książek poświęconych rodzinie, kapłaństwu i życiu rodzinnemu.
