Kompleksowe prace konserwatorskie na Wawelu trwały 2 lata i obejmowały wszystkie elementy kaplicy: sklepienie i strych, ściany, posadzkę, ołtarz z obrazem "Męczeństwo św. Andrzeja" oraz pomniki króla Jana Olbrachta i biskupa Jana Chojeńskiego.
Renowacji towarzyszyły badania historyczne i archeologiczne, których wyniki są nadal opracowywane. Kaplica Jana Olbrachta powstała przez wydzielenie części kaplicy św. Jana po roku 1501, z inicjatywy królowej Elżbiety Rakuszanki, jako miejsce pochówku jej syna – Jana Olbrachta. Pomnik króla, z późnogotycką płytą z warsztatu Wita Stwosza, jest najstarszym polskim zabytkiem renesansu.