Ks. Prof. Jacek Urban
Na Zjeździe Gnieźnieńskim w roku 1000 cesarz Otton III przekazał księciu Bolesławowi Chrobremu patronat nad Kościołem na terenach pozostających pod jego władaniem, a legaci papiescy doprowadzili do wykonania bulli papieża Sylwestra II, mocą której zorganizowana została polska prowincja kościelna. W jej skład weszły Gniezno, Kraków, Wrocław i Kołobrzeg.
Nie znamy bulli papieskiej ustanawiającej polską prowincję kościelną. Nie znamy więc granic nowo utworzonych diecezji. Uznaje się, że w skład każdej z nich weszły terytoria plemienne. A zatem zachodnia granica biskupstwa krakowskiego ciągnęła się wzdłuż rzeki Biała do Wisły, a po jej przekroczeniu biegła na północ do Warty. Granica północna diecezji biegła nieco poniżej rzeki Pilica do Wisły. Na wschodnim brzegu Wisły granica diecezji unosiła się na północ, po Podlasie, by doliną Wieprza opaść na południe. Po przekroczeniu Sanu biegła w kierunku południowo-zachodnim sięgając granicy politycznej z Węgrami. Terytorium biskupstwa krakowskiego stanowiły więc ziemia krakowska, sandomierska i lubelska, a więc niemal cała Małopolska, oraz dwa dekanaty śląskie (Bytom i Pszczyna).
Powołanie biskupstwa krakowskiego, pierwszego biskupa i określenie granic dało początek pracy misyjnej, zapewne w oparciu o już istniejące zalążki chrześcijaństwa w ziemi krakowskiej.
Pierwszymi misjonarzami byli, obok biskupa, benedyktyni. Zakłada się, że już w otoczeniu pierwszego biskupa krakowskiego Poppo znalazła się grupa benedyktynów z krajów ościennych. Związani z biskupami krakowskimi osiedli w Krakowie. Po tzw. reakcji pogańskiej benedyktyni po kilku latach powrócili z Kazimierzem Odnowicielem (1044). W Tyńcu osiedli za Bolesława Śmiałego. Śmierć św. Stanisława i wypędzenie króla zahamowały rozwój benedyktynów. Dalszy ich rozwój nastąpił w początku XII w. Bolesław Krzywousty ufundował im klasztor św. Trójcy na Łysej Górze, (później od kultu Krzyża św. zwany Św. Krzyżem), a ok. 1122r. cześnik Bolesława Krzywoustego ufundował opactwo w Sieciechowie k. Kozienic. „Byli ci mnisi – pisał w 1780r. Adam Naruszewicz – pierwszymi zaszczepcami nauk, sprowadzeni od Bolesława z obcych krajów dla uczenia młodzieży, dla oświecenia krajowej prostoty, a pomocy dla biskupów.”
Kolejnymi po Poppo i Gompo biskupami krakowskimi byli: Lambert I (1019-1030), Rachelin (1031-1046), Aron (1046-1059), Lambert II Suła (1061-1071) i Stanisław ze Szczepanowa zabity 11 IV 1079r. przez króla Bolesława Śmiałego, kanonizowany w 1253 r., Patron Polski, biskupstwa krakowskiego, Krakowa, katedry i wielu kościołów.
W XII w. na terytorium diecezji krakowskiej pojawili się cystersi. Najstarsze klasztory cysterskie w Małopolsce były bezpośrednimi filiami burgundzkiego opactwa w Morimond. Najstarszym jest Jędrzejów (1140-53). Niedługo pojawiły się kolejne. Książę Kazimierz Sprawiedliwy ufundował 1176-77 klasztor w Sulejowie, bp Gedko w 1179r. w Wąchocku, a komes Mikołaj z Bogoriów w 1185r. w Koprzywnicy. Kolejne fundacje cysterskie (Mogiła, Ludźmierz i Szczyrzyc) należą już do XIII w. Nowy zakon wniósł kulturę rolną, ogrodnictwo, sadownictwo, rzemiosło, co bardzo zbliżyło zakonników do ludności miejscowej i ułatwiało duszpasterstwo.
Równocześnie z klasztorami cystersów na ziemi krakowskiej pojawiły się fundacje norbertanów i bożogrobców. Przed 1173 r. za Bolesława Kędzierzawego dwaj możnowładcy Wrocisław i Strzeżysław ufundowali klasztor norbertanów w Brzesku (od XVI w. ta część Brzeska nosi nazwę Hebdów) i sprowadzili norbertanów ze Strahowa pod Pragą. Fundacja konwentu norbertanek i bożogrobców związana jest z Jaksą z Miechowa. Po powrocie z pielgrzymki do Ziemi św. Jaksa w 1163 r. sprowadził bożogrobców z Jerozolimy, dając im jako uposażenie Miechów (stąd miechowici). Tu poświęcono ok. 1170 r. kościół Grobu Pańskiego, który stał się ważnym miejscem kultu Męki Pańskiej. W kolejnych fundacjach: Chełm k. Bochni (1163), Skaryszew k. Radomia (1170), a także późniejszych miechowici wyróżnili się jako szpitalnicy i duszpasterze. Jaksa doprowadził też do końca fundację norbertanek na Zwierzyńcu. Klasztor zwierzyniecki stał się matką dla kolejnych klasztorów norbertańskich m.in. w Imbramowicach (1163-94) i w Busku-Zdroju (1180).
Zapewne do końca XI wieku jedyną parafią w diecezji krakowskiej była katedra na Wawelu. Podział miast na liczniejsze parafie rozpoczął się w 1 poł. XII w. (Wrocław, Poznań, Gdańsk i Szczecin). Tak było też w Krakowie. Być może najstarsza parafia na podgrodziu wawelskim była związana z kościołem św. Wojciecha, skąd wraz ze wzrostem ludności została przeniesiona do kościoła Trójcy Św. Poza tym w Krakowie istniało już szereg kościołów z fundacji prywatnych, które z czasem podejmowały obowiązki duszpasterskie. Osobną grupę stanowiły kościoły na Wzgórzu Wawelskim, osobną kościoły podzamcza, a wśród nich prócz wspomnianych, także kościół św. Andrzeja, który był fundacją Sieciecha, palatyna Władysława Hermana z końca XI w., św. Jana oraz Wszystkich Świętych. Osobną grupę tworzyły kościoły podgrodzia: św. Floriana na Kleparzu, św. Mikołaja na Wesołej, św. Benedykta na Krzemionkach., czy św. Jakuba i św. Wawrzyńca na późniejszym Kazimierzu. Rosło ich znaczenie jako lokalnych ośrodków przekazu wiary, miejsc nauczania prawd wiary i celebracji liturgicznych. Najstarsze miejsca kultu poza Krakowem skupiały się przede wszystkim w grodach książęcych, następne w grodach, podgrodziach zależnych od możnowładców Małopolski. Pod koniec wieku XII przyjmuje się istnienie ok. 200 kościołów diecezji krakowskiej. W samej tylko prepozyturze wiślickiej E. Wiśniewski wykazał obecność ok. 20 ośrodków kościelnych do końca XII w. Dokument erekcji parafii w Pacanowie przez bpa Maura (1110-1118), dochowany w transumpcie z 1219 r. jest najstarszym tego typu w Polsce. Zawarto w nim dwa elementy konstytutywne parafii: kościół i uposażenie. Notatka sporządzona w 1191 r. wymienia kaplicę w Połańcu. Połaniec zaś był grodem kasztelańskim. Zapewne więc kaplica służyła całej kasztelanii. Nie były one jeszcze parafiami w ścisłym tego słowa znaczeniu, bo z kościołem i z księdzem przy kościele rezydującym nie było jeszcze związane określone terytorium, ale to właśnie one dadzą podstawę pod organizację parafialną, która dokona się w XIII wieku. Najstarsze zachowane kościoły poza Krakowem (Prandocin, Wysocice, Siewierz, Tarczek) były kościołami grodowymi. Kościół w Prandocinie powstał w gnieździe Odrowążów, kościół w Tarczku w grodzie biskupów krakowskich. Z czasem kościoły parafialne położone przy ważniejszych szlakach komunikacyjnych, w miastach, w których kwitł handel zaczęły się wyróżniać najpierw wyglądem zewnętrznym, a następnie znaczeniem. Przy nich powstawały kolegia kanonickie, grupy mansjonarskie, przy nich prowadzono szkołę lub szpital. Na nich oparto organizację dekanalną i archidiakonalną. W 1175 r. bp krakowski Gedko wzniósł kolegiatę w Kielcach. Sandomierski kościół kolegiacki był konsekrowany w 1191 r. za Kazimierza Sprawiedliwego. Krakowską kolegiatę św. Floriana zaczęto wznosić w 1185 r., a niedługo potem kolegiaty w Opatowie, Wiślicy i Skalbmierzu. Liczące 54 170 km kwadratowych biskupstwo krakowskie należało do największych w Europie. Powstała więc konieczność budowy mniejszych jednostek administracji diecezji. Najpierw dokonał się podział na archidiakonaty. Archidiakon krakowski pojawia się w dokumentach już w 1166 r., archidiakon lubelski pod koniec XII wieku, a niedługo po nim archidiakon zawichojski, radomski i sandomierski. Archidiakoni zostali wyposażeni w uprawnienia do sprawowania sądownictwa kościelnego i przeprowadzania wizytacji. Równolegle z podziałem na archidiakonaty powstała sieć dekanalna. Początki dekanatów także sięgają drugiej połowy XII w.
Rok 1200 umownie zamyka tzw. misyjny okres w dziejach biskupstwa. Wprawdzie nadal źródła do dziejów biskupstwa są fragmentaryczne, ale jeśli w pierwszej połowie XIV w. na terenie diecezji krakowskiej było 467 kościołów parafialnych (S. Inglot), to ich powstanie i rozwój należy łączyć właśnie z XIII wiekiem. Na tronie biskupów krakowskich po bł. Wincentym Kadłubku, który w 1218 r. przyjął habit cysterski, zasiadali kolejno: Iwo Odrowąż (1218-29), Wisław z Kościelca (1229-1242), Prandota z Białaczewa (1242-66), Paweł z Przemankowa (1266-91), Prokop (1292-95) i Jan Muskata (1295-1320). Bp Iwo i Prandota zmarli w opinii świętości. Pojawiły się kolejne zakony. Do fundacji duchaków na Prądniku doprowadził bp Iwo Odrowąż w 1220 r. W 1244 r. za bpa Prandoty duchacy znaleźli się w obrębie murów miejskich otrzymując kościół św. Krzyża. Zadaniem duchaków była szeroko pojęta opieka nad chorymi i biednymi. Do ich szpitala trafiali więc nie tylko chorzy, ale także dzieci porzucone, bezdomni, ludzie bez środków do życia. W ciągu XIII w. duchacy utworzyli jeszcze szpitale w Sławkowie i w Sandomierzu. Siostry duchaczki osiedlały się nieopodal klasztoru braci, pielęgnując chorych i wychowując porzucone i biedne dzieci. Wraz z duchaczkami pojawiły się benedyktynki. Także one szukały oparcia w kongregacjach męskich. Ufundowany w 1228 r. konwent benedyktynek w Staniątkach k. Niepołomic pozostawał pod jurysdykcją opata tynieckiego. Benedyktynki staniąteckie jako zakon kontemplacyjny zajęły się także wychowaniem i kształceniem dziewcząt. Z kolei z Pragi, z klasztoru św. Agnieszki Ubogie Panie – Damianitki św. Klary, zwane po prostu klaryskami sprowadziła bł. Salomea Piastówna. Pierwszy klasztor klarysek w Polsce ufundował Bolesław Wstydliwy w Zawichoście (1245). Skoro jednak okazało się, że miejsce to narażone jest na ciągłe najazdy i niepokoje, Bolesław Wstydliwy za radą bpa Prandoty wybudował dla sióstr klasztor w Grodzisku nad Skałą. W 1269 r. umarła w tym klasztorze bł. Salomea, której ciało Bolesław Wstydliwy ze św. Kingą pochowali w krakowskim kościele franciszkanów. Na początku XIV w. Władysław Łokietek uzyskawszy zgodę opata z Sieciechowa, przeniósł prebendarzy z kościoła św. Andrzeja w Krakowie do kościoła św. Idziego, a kościół św. Andrzeja przekazał klaryskom. Pierwsze klaryski ze Skały przybyły do Krakowa w 1316 r. Za przykładem bł. Salomei poszła św. Kinga, po śmierci swego małżonka Bolesława Wstydliwego. W 1280 r. ze Skały udała się grupa klarysek do Starego Sącza. W ten sposób w diecezji krakowskiej powstały dwa najstarsze klasztory klarysek w Polsce.
Najstarszym dochowanym źródłem do organizacji parafii jest spis dziesięciny papieskiej z 1326 r., który podaje stan sieci z poprzedniego roku. W Krakowie znajdowały się wówczas parafia Mariacka, Wszystkich Św. i św. Szczepana. Położona na południe od Krakowa osada otrzymała w 1335 r. prawa miejskie nadane przez Kazimierza Wielkiego i nazwę Kazimierz. Na jej terenie znajdowały się kościoły: św. Michała na Skałce, św. Jakuba i zapewne także św. Wawrzyńca, ale wszystkie znalazły się na obrzeżach założonego miasta. Przystąpiono więc do budowy fary kazimierskiej w centrum miasta. Rachunki świętopietrza wymieniają kościół Bożego Ciała przed r. 1343. W 1342 r. przybył na Kazimierz pierwszy augustianin. Fundatorem kościoła św. Katarzyny i klasztoru augustianów był sam Kazimierz Wielki. W 1327 r. pojawia się najstarsza notatka o parafii św. Krzyża w Krakowie, jeszcze w XIV w. powstała parafia św. Anny, a w 1422 r. bp Wojciech Jastrzębiec nadał kolegiacie św. Floriana prawa parafialne dla miasta Kleparza. Poczet biskupów krakowskich tego okresu otwierają zmarli w opinii świętości bp Nanker (1320-26) i Jan Grotowic (1326-47), a kończą dwaj kanclerze św. Królowej Jadwigi Piotr Wysz z Radolina (1392-1412), Wojciech Jastrzębiec (1412-1423) i Zbigniew Oleśnicki (1423-55), pierwszy polski kardynał a równocześnie ten, który ozdobił biskupów krakowskich tytułem książęcym nabywając Księstwo Siewierskie (1443).
Początki zakonu dominikańskiego nie tylko na ziemiach polskich, ale na całej Słowiańszczyźnie związane są z osobą św. Jacka. Datę przybycia dominikanów do Krakowa podaje Rocznik Kapitulny krakowski pod r. 1222, a więc do najstarszej fundacji dominikańskiej w Polsce doszło w rok po śmierci św. Dominika. W 1223 r. bp Iwo wprowadził pierwszych dominikanów w domu przy kościele św. Trójcy w Krakowie. Św. Jacek został pierwszym przełożonym klasztoru. W 1226 r. bp Iwo oddał były kościół parafialny św. Trójcy na własność dominikanom, uwalniając ich od obowiązków parafialnych. W diecezji krakowskiej konwenty dominikańskie powstały jeszcze m.in. w Lublinie, Sandomierzu, Oświęcimiu, Bochni, Opatowcu, Klimontowie. Tuż po dominikanach pojawili się franciszkanie. W 1237 r. pierwsi franciszkanie przybyli do Krakowa. Po najeździe Tatarów (1241) przystąpili do budowy kościoła i klasztoru znajdując oparcie na dworze książęcym. Franciszkanie już u progu swej działalności wyróżnili się troską o cześć św. Stanisława BM, znacznie przyczyniając się do jego kanonizacji w 1253 r. Konwenty dominikanów i franciszkanów w Krakowie są klasztorami macierzystymi. Były ośrodkami formacji zakonnej, były ośrodkami duszpasterskimi i odegrały ważną rolę w dziele ewangelizacji narodów nadbałtyckich, oraz Rusi i Mołdawii. Trzecim zakonem mendykanckim byli karmelici. Fundatorami klasztoru na Piasku była para królewska św. królowa Jadwiga i Władysław Jagiełło. Karmelici zasłynęli w Europie jako zakon całkowicie poświęcony czci Maryi. Nabożeństwo do NMP było bliskie św. Królowej Jadwidze. Ku Jej czci fundowała liczne ołtarze. W 1395 r. doszło do fundacji, a w 1397 r. pierwsi karmelici przybyli z Pragi do Krakowa i przystąpili do budowy kościoła i klasztoru. Lokalizacja klasztoru na Garbarach miała wyjść naprzeciw potrzebom duszpasterskim tej części podmiejskiej Krakowa. Kościół wkrótce zasłynął jako miejsce czci MB Szkaplerznej.
Pierwszy konwent paulinów w Polsce to klasztor na Jasnej Górze. Powstał w 1382 r. z inicjatywy króla Ludwika Węgierskiego i księcia Władysława Opolczyka. Położenie klasztoru w pełni odpowiadało potrzebom zakonu kontemplacyjnego. Pojawienie się obrazu Matki Bożej (1384) i żywiołowy kult w sposób naturalny sprawiły, że paulini-eremici podjęli także obowiązki kustoszy Ikony Jasnogórskiej. Następne konwenty paulińskie na ziemi krakowskiej powstały w wieku XV. W 1421 r. abp Wojciech Jastrzębiec sprowadził paulinów do Beszowej. Do Pińczowa sprowadził paulinów bp Zbigniew Oleśnicki z bratem Janem, wojewodą sandomierskim, a do Krakowa przybyli na zaproszenie ks. Jana Długosza, który przekazał im konwent wzniesiony na Skałce. Na tym miejscu wspomnieć trzeba działalność fundacyjną ks. Jana Długosza. W 1450 r. ufundował kościół par. w Chotlu Czerwonym k. Wiślicy, następnie w Kłobucku, dokąd sprowadził kanoników laterańskich, w Odechowie (1459-60), w Szczepanowie (1470) i w Raciborowicach (1476). On też wzniósł domy dla wikariuszy przy kolegiacie wiślickiej, dla mansjonarzy w Sandomierzu i psałterzystów na Wawelu.
W 1453 r. do Krakowa przybył św. Jan Kapistran, który tu zaszczepił nową gałąź franciszkanów obserwantów. Kard. Z. Oleśnicki ufundował im w 1454 r. klasztor pod Wawelem p.w. św. Bernardyna. Od jego imienia zakonników zwano bernardynami. Św. Jan Kapistran zostawił Krakowowi nową wspólnotę zakonną, ale także wniósł wielkie ożywienie religijne. W tym prawdziwie niezwykłym okresie dla Krakowa niemal równocześnie pojawili się i działali: Izajasz Boner, świątobliwy augustianin z kościoła św. Katarzyny na Kazimierzu (+1471), św. Jan Kanty profesor Akademii Krakowskiej (+1473), św. Szymon z Lipnicy bernardyn ze Stradomia (+1482), św. Kazimierz Jagiellończyk, królewicz (+1484), bł. Michał Giedroyć, kanonik regularny od pokuty z kościoła św. Marka (+1485), św. Stanisław Kazmierczyk, kanonik regularny laterański przy kościele Bożego Ciała na Kazimierzu (+1489) czy Świętosław Milczący, zwany błogosławionym z kościoła Najświętszej Panny Maryi (+1489).
Podstawowym źródłem poznania sieci parafialnej biskupstwa krakowskiego w XV w. jest drugi tom Liber Beneficiorum Jana Długosza. Przy końcu średniowiecza ilość parafii diecezji krakowskiej zbliżyła się do 1000. Rzecz charakterystyczna, że przy stosunkowo wielu z nich założono szkoły i szpitale. W Krakowie –nie licząc szkoły katedralnej na Wawelu- wszystkie parafie w obrębie murów miejskich (5) miały szkołę. Także poza murami miasta szkoły istniały przy parafii św. Floriana na Kleparza, św. Mikołaja na Wesołej, na Zwierzyńcu, oraz (3) na Kazimierzu. E. Wiśniowski przyjmuje, że na początku XVI w. w 78% parafii biskupstwa krakowskiego istniały szkoły parafialne.
Nadszedł rok 1517 a wraz z nim bolesny podział Kościoła. Szacuje się, że do połowy XVI w. ok. 250 kościołów Małopolski zamieniono na zbory. Najwięcej reformowanych gmin powstało w dekanatach śląskich (Bytom i Pszczyna), także w dekanacie jędrzejowskim, gdzie zaznaczył się wpływ Mikołaja Reja z pobliskich Nagłowic i jego rodziny. W dekanatach zatorskim i oświęcimskim szlachta przyjmując luteranizm, czy kalwinizm domagała się od swoich poddanych zmiany wyznania. Pierwszy synod kalwiński odbył się w 1554 r. w Słomnikach, a pierwszym superintendentem małopolskim został dawny pleban z pobliskiego Niedźwiedzia. W 1562 r. z krakowskiego zboru kalwińskiego wyodrębnili się bracia polscy. Wizytacja biskupa krakowskiego Filipa Padniewskiego (1565-70) wykazała, że 16% parafii przeszło na luteranizm, lub kalwinizm, a 24% pozostawało nie obsadzonych. Szereg biskupów krakowskich tego okresu, wybitnych humanistów, rozpoczyna bp Jan Konarski (1503-25), który w 1520 r. ogłosił bullę Leona X przeciw Marcinowi Lutrowi i bp Piotr Tomicki, przyjaciel Erazma z Rotterdamu, a kończą bp Franciszek Krasiński (1572-77), jedyny z biskupów polskich, który podpisał konfederację warszawską i bp Piotr Myszkowski (1577-91), który w 1564 r. nie dopuścił do zwołania synodu narodowego.
Do reformy katolickiej wezwał Sobór Trydencki. W 1577 r. na synodzie piotrkowskim biskupi polscy przyjęli uchwały Tidentinum. Rozpoczął się proces reformy potrydenckiej Kościoła. W 1591 r. biskupem krakowskim został Jerzy Radziwiłł. W 1593 r. odbył synod diecezjalny, a następnie doprowadził do wizytacji diecezji. Wizytacja radziwiłłowska jest jednym z punktów odniesienia w rozważaniu historii biskupstwa krakowskiego. Przedstawia stan biskupstwa końca XVI w. i postulowane reformy. Biskupi przejęli całkowitą pieczę nad duszpasterstwem. Szczególnie ważnym był wymóg kanonicznej instytucji na wakujące stanowiska kościelne.
Sobór Trydencki zobowiązywał biskupów do zakładania seminariów duchownych. Pierwsze seminarium w diecezji krakowskiej założył bp Bernard Maciejowski w 1602 r. na Wawelu. Niewielka liczba miejsc w seminarium zamkowym nie zaspokajała potrzeb biskupstwa. Następne seminaria powstały w Sandomierzu (1635), w Lublinie (1675), w Kielcach (1726), na Stradomiu (1732), dwa ostatnie z fundacji bp. krakowskiego F. Szaniawskiego i trzecie w Krakowie tzw. akademickie, oddane w zarząd Akademii Krakowskiej (1758). Seminaria miały formować kadry duchownych, by przez ich posługę prowadzić do rekatolicyzacji ziemi krakowskiej i odrodzenia religijnego.
Reforma Soboru Trydenckiego dokonywała się także przez zakony, a zwłaszcza przez jezuitów. Św. Ignacy Loyola położył akcent na działalność apostolską nowego zakonu, a zwłaszcza na misje, rekolekcje, kierownictwo duchowe, kierownictwo szkół i organizacji katolickich, na działalność naukową i publicystykę. Składając ślub posłuszeństwa papieżowi stali się ważnym ogniwem reformy trydenckiej. W 1558 r. do Krakowa przybył św. Piotr Kanizjusz, przygotowując grunt pod zaszczepienie jezuitów w Polsce. W 1564 r. kard. S. Hozjusz sprowadził pierwszych jezuitów na Warmię. W krótkim czasie nastąpił ich ogromny rozwój. W Krakowie dom profesów powstał w 1583 r., a nowicjat w 1585 r. Kolegia jezuickie w diecezji krakowskiej powstały w Sandomierzu (1605) i w Krakowie (1621). W 1584 r. ks. Piotr Skarga SJ założył w Krakowie Arcybractwo Miłosierdzia. Miłosierdzie pojmował jako „serdeczne i rozumne wzruszenie i użalanie nad nędzą ludzką, abo z wolą samą, abo z uczynkiem do poratowania gotowe i zaraz dzielne”. Utworzył stały fundusz, nadal Arcybractwu organizację, które mimo zmienności czasów pomogły mu przetrwać i nieść pomoc potrzebującym (posagi dla panien, stypendia dla uczniów, wsparcia dla podrzutków). Następnymi po jezuitach byli karmelici, którzy w 1593 r. utworzyli odrębny zakon (karmelici bosi). Bp B. Maciejowski zaproponował im utworzenie placówki w Krakowie. W 1605 r. przybyli z Rzymu pierwsi karmelici bosi. Pierwszy klasztor powstał poza murami Krakowa, za bramą Mikołajską w 1606 r. Z czasem karmelici bosi doprowadzili (1611-1636) do założenia klasztoru św. Michała w obrębie murów miasta Krakowa (obecnie Muzeum Archeologiczne). Do połowy XVII w. mieli już 14 klasztorów w Polsce, w tym w diecezji krakowskiej jeszcze w Lublinie i Wiśniczu. W 1612 r. założono klasztor karmelitanek bosych w Krakowie. W obawie, by zakon nie utracił swego kontemplacyjno-czynnego charakteru postanowiono, by w każdej kongregacji był jeden erem. Wdowa po wojewodzie krakowskim Mikołaju Firleju Katarzyna w 1631 r. ofiarowała karmelitom bosym majątek obejmujący wsie Siedlec, Paczółtowice, Żbik i Dubie na północny zachód od Krakowa. W 1636 r. wojewoda krakowski Jan Tęczyński ofiarował karmelitom grunt w Czernej pod klasztor. Do konsekracji eremu doszło w 1640 r. Dynamiczny wzrost życia zakonnego, powstawanie nowych wspólnot, szczególnie widoczny jest na przykładzie Krakowa i okolic. W 1604 r. z fundacji marszałka wielkiego koronnego Mikołaja Wolskiego rozpoczęto prace przy wznoszeniu kościoła i eremu kamedułów na Bielanach. W 1609 r. do Krakowa przybyli bonifratrzy. Kupiec krakowski Walerian Montelupi ofiarował im swój dom przy ul. Św. Jana. Tu urządzili kościół św. Urszuli, klasztor i szpital. Od 1621 r. z inicjatywy i kosztem Anny z Branickich Lubomirskiej powstał klasztor dominikanek Na Gródku. Z kolei bł. Zofia z Maciejowskich Czeska w swojej kamienicy przy ul. Szpitalnej założyła zgromadzenie sióstr prezentek i najstarszą w Polsce szkołę dla dziewcząt (1621-27). Do Krakowa przybyły dwie nowe gałęzie zakonu franciszkańskiego: reformaci i kapucyni. Kasztelan krakowski Stanisław Warszycki oddał swój dom przy ul. Rogackiej reformatom, a kasztelan kamieniecki Franciszek Szembek ufundował im klasztor i kościół w 1666 r., a bp Jan Małachowski przyjął kapucynów. W 1686 r. bp Jan Małachowski ufundował kościół i klasztor dla sióstr wizytek na Biskupim. On także przyjął do diecezji misjonarzy i trynitarzy. Fundatorem kościoła, klasztoru i seminarium na Stradomiu dla Misjonarzy św. Wincentego a Paulo był bp Felicjan Szaniawski (1732). Pijarów do Krakowa sprowadził bp Andrzej Trzebicki. Z pomocą Elżbiety z Lubomirskich Sieniawskiej kasztelanowej krakowskiej w tymże 1732 r. powstał kościół i klasztor pijarów w Krakowie. W tym czasie trynitarze wznosili swój konwent na Kazimierzu. W 1652 r. św. Wincenty a Paulo, na prośbę królowej Marii Ludwiki Gonzaga wysłał pierwsze szarytki do Polski. W Krakowie pojawiły się już w czasie potopu szwedzkiego pielęgnując rannych. Fundatorem klasztoru szarytek w Krakowie był sufragan krakowski Michał Szembek. W 1714r. powstał szpital Sióstr Miłosierdzia przy ul. Św. Jana dla 24 chorych. Z Warszawy sprowadził szarytki jako „oddane Bogu Panny, do uczynków miłosierdzia osobliwą od Boga mające wokację i łaskę”.
W dziejach reformy katolickiej dużą rolę odegrała duszpasterska aktywność biskupów krakowskich XVII i XVIII w., a zwłaszcza synody biskupa M. Szyszkowskiego (1621) i K. Łubieńskiego (1711), oraz pastoralne listy pasterskie biskupów B. Maciejowskiego (1601), F. Szaniawskiego (1720), J. Lipskiego (1737). Dotyczyły one m.in. szafowania sakramentów świętych, liturgii i praktyk pokutnych. Szczególny akcent położono na świętowanie niedzieli. Reformie poddano także wszystkie bractwa poddając je pod władzę biskupów diecezjalnych. Synod bpa M. Szyszkowskiego z 1621 r. znosił wszystkie bractwa powstałe przed r. 1604 r., które nie posiadały autentycznego dokumentu erekcyjnego. Pojawiły się nabożeństwa Drogi Krzyżowej i Gorzkich Żali. Krakowscy reformaci zaprowadzali nabożeństwo Drogi Krzyżowej po kościołach diecezji. Systematycznie rosło przekonanie o znaczeniu misji św. dla parafii. W pierwszej połowie XVIII w. w diecezji krakowskiej przeprowadzono je co prawda tylko w co czwartej parafii, ale wyraźna jest tendencja wzrostowa. O ile w pierwszym dziesięcioleciu XVIII w. przeprowadzono 2 misje, o tyle w drugim dziesięcioleciu 5, w trzecim 21, w czwartym 54, a w latach 1740-48 już 74. Centralne miejsce dla pielgrzymek miały Częstochowa, zwłaszcza po koronacji obrazu MB Częstochowskiej koronami papieskimi w 1717 r., oraz Kalwaria Zebrzydowska, do której pielgrzymowano licznie zwłaszcza na Wielki Tydzień na misterium Męki Pańskiej i na uroczystość Wniebowzięcia NMP. Poza nimi Piotr Hiacynt Pruszcz w „Morzu Łaski Bożej, które Pan Bóg w Koronie Polskiej, po różnych miejscach przy obrazach Chrystusa Pana i Matki Jego wylewa” z 1662r. wymienia także sanktuarium w Sączu, Myślenicach, Bochni, Zakliczynie, Bochni i w Tuchowie.
Kryzys polityczny i upadek gospodarczy w pierwszych latach XVIII w. dotkliwie dotknął szkolnictwo parafialne. O ile dotąd w większości parafii istniały szkoły, o tyle w 1748 r. szkoła parafialna znajdowała się w 132 miejscowościach na 317 parafii archidiakonatu krakowskiego, co stanowi 41%. Odbudowa sieci szkół następowała powoli i do przejęcia szkolnictwa parafialnego przez Komisję Edukacji Narodowej nie została zakończona. W trudnej sytuacji znalazły się szpitale i domy ubogich. Po okresie wyniszczających wojen większość z nich utraciła podstawy utrzymania. Próbę reformy systemu opieki społecznej podjął administrator diecezji krakowskiej bp Michał Poniatowski.
Tymczasem nadszedł rok 1772. Oznaczał on początek nieszczęść zaborów. Dla diecezji krakowskiej oznaczał kres jej wielkości. W wyniku I rozbioru Polski granicą państwa na południu stała się Wisła. To oznaczało, że diecezja krakowska utraciła ok. 400 parafii, które pozostały na prawym brzegu Wisły, niemal połowę stanu swego posiadania. W 1790 r. odłączono od diecezji krakowskiej kolejnych 113 parafii i filii w ziemi lubelskiej, które przyłączono do diecezji chełmskiej. W III rozbiorze Prusy zagarnęły Księstwo Siewierskie i okręg częstochowski. Natomiast w granicach III zaboru austriackiego znalazła się część archidiakonatu kurzelowskiego z archidiecezji gnieźnieńskiej i część archidiakonatu warszawskiego z diecezji poznańskiej, razem 126 parafii, nad którymi jurysdykcję przekazano biskupowi krakowskiemu. Administracja diecezji została podporządkowana wymogom austriackim. W 1801 r. ogłoszono dekret cesarski o zniesieniu seminarium zamkowego i seminarium akademickiego. Jedynym seminarium duchownym w Krakowie miało pozostać seminarium na Stradomiu. Klasztory krakowskie, przy których pozostawały coraz mniejsze wspólnoty, często pozbawione środków do życia, po zaborze ich uposażenia, zaborca przeznaczał na budynki publiczne. Z powierzchni ziemi zniknęły kolegiaty św. Michała i św. Jerzego na Wawelu. W 1803 r. cesarz Franciszek II zniósł tytuł książęcy biskupów krakowskich. Zapewne wkrótce biskupstwo krakowskie wyglądałoby podobnie do innych biskupstw monarchii austriackiej, gdyby nie zmiany polityczne, a zwłaszcza powstanie Księstwa Warszawskiego, a w 1815 r. Wolnego Miasta Krakowa z Okręgiem i Królestwa Polskiego. Biskupstwo krakowskie znalazło się w obydwu tych tworach Kongresu. Nowa geografia polityczna wymagała nowego określenia terytorium i granic diecezji. Dokonał tego papież Pius VII w 1821 r. Najpierw bullą „De salute animarum” inkorporował do diecezji wrocławskiej dwa dekanaty krakowskie: Bytom i Pszczynę, a następnie bullą „Studium paterni affectus” przywrócił diecezję tarnowską poddając jej całą zawiślańską część diecezji krakowskiej. Po tych redukcjach diecezja krakowska liczyła 239 parafii w Królestwie Polskim i 46 w okręgu krakowskim. W okresie zmian w 1819 r. dekretem Komisji Rządowej Wyznań i Oświecenia Publicznego skasowano na terenie diecezji krakowskiej w Królestwie Polskim 8 klasztorów (Beszowa, Pińczów, Olkusz, Miechów, Jędrzejów, Szaniec, Kurozwęki, Hebdów i Busko). Skasowano nie tylko nieruchomości i majątki, ale także archiwa, biblioteki i sprzęty liturgiczne. Tym samym dekretem skasowane zostały wszystkie kolegiaty (Wiślica, Skalbmierz, Kurzelów, Pilica) prócz kieleckiej. W pierwszej ćwierci XIX w. jeszcze wiele kościołów, które utraciły uposażenie, podzieliło ich los. Był to okres rządów bp. Andrzeja Gawrońskiego (1804-13) i Jana P. Woronicza (1815-27) exjezuitów, którzy po kasacie swego zakonu oddali swe siły i umiejętności diecezji krakowskiej. Kolejny bp krakowski Karol Skórkowski za poparcie udzielone powstaniu listopadowemu, najpierw został odsunięty od rządów w tej części diecezji, która znajdowała się w Królestwie Polskim, a w 1835 r. został zmuszony do opuszczenia diecezji. Biskup wygnaniec zamieszkał w Opawie na Śląsku Cieszyńskim. Wprawdzie jego sufraganowi bp. Fr. Zglenickiemu przywrócono jurysdykcję w obydwu częściach diecezji, ale po powstaniu krakowskim (1846) Wolne Miasto Kraków z Okręgiem zostało włączone do monarchii austriackiej. Właściwie odtąd diecezja krakowska została ograniczona do terytorium b. Rzeczpospolitej Krakowskiej. Od południa sięgała po Wisłę, od zachodu po Przemszę, pozostałe granice sięgały kordonu zaboru rosyjskiego. Liczyła 5 dekanatów (dwa krakowskie, oraz czernichowski, bolechowicki i nowogórski) 44 parafie, 120.000 katolików oraz 125 księży diecezjalnych i 97 zakonnych. Jest to najsmutniejszy okres w dziejach biskupstwa krakowskiego, które stało się wikariatem apostolskim.
I ponownie dopiero zmiany polityczne zmieniły stan biskupstwa. W okresie autonomii galicyjskiej wraz z pierwszymi swobodami, powrócił problem biskupstwa krakowskiego, zwłaszcza, że Rosja prowadziła pertraktacje, zmierzające do utworzenia z diecezji krakowskiej w Królestwie Polskim diecezji kieleckiej. W wyniku wielu wysiłków w 1879 r. cesarz Franciszek Józef zamianował ks. Albina Dunajewskiego biskupem krakowskim. W 1880 r. Leon XIII wyłączył diecezję krakowską z zależności metropolitalnej od Warszawy i mianował biskupstwem wyjętym. Do diecezji liczącej 44 parafie, w 1880 r. włączono z diecezji tarnowskiej 101 parafii, a w 1886 r. kolejnych 41, w sumie 186. Okres rządów kard. Dunajewskiego określany jest jako czas restauracji diecezji krakowskiej. Seminarium wypełniło się alumnami, Wydział Teologiczny odzyskał świetność, rozkwitło życie zakonne. Koronacja wizerunków Matki Bożej u karmelitów na Piasku (1883) i u bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej (1888) były wielkimi wydarzeniami religijnymi. Dzieło kard. Dunajewskiego kontynuował kard. Jan Puzyna. W 1895 r. otworzył Małe Seminarium, a w 1900 r. przeniósł kleryków ze Stradomia do nowego gmachu seminaryjnego pod Zamkiem Krakowskim i oddał pod zarząd księży diecezjalnych. Odnowił katedrę, utworzył Muzeum Diecezjalne. Znów ziemia krakowska okazała się gościnna dla nowych zgromadzeń. Pierwszy dom salezjanów na ziemiach polskich powstał w Oświęcimiu (1898), pierwszy zaś dom salwatorianów powstał w Trzebini (1901). W Podgórzu wznieśli kościół i klasztor redemptoryści.
W 1911 r. tron biskupów objął książę-biskup Adam Stefan Sapieha rozpoczynając najdłuższy w dziejach, bo prawie 40 letni pontyfikat. Wkrótce wybuchła I wojna światowa. Na wieść o wysiedleniach roztoczył opiekę nad wysiedlonymi z Krakowa na Morawy, a w styczniu 1915 r. bp Sapieha założył Krakowski Biskupi Komitet Pomocy dla Dotkniętych Klęską Wojny (KBK) o zasięgu ogólnopolskim. W 1918 r. utworzył Fundusz Mszalny na pomoc parafiom budującym kościoły. Za jego rządów wzniesiono ich 65. Dnia 28 X 1925 r. papież Pius XI bullą „Vixdum Poloniae unitas” ustanowił biskupstwo krakowskie arcybiskupstwem, a biskupa krakowskiego arcybiskupem metropolitą krakowskim. Abp Sapieha założył Akcję Katolicką w archidiecezji krakowskiej, a w 1934 r. zreorganizował katolickie stowarzyszenia. W okresie II wojny światowej diecezję przecięła granica między Generalną Gubernią a Rzeszą. Na terenie włączonym do Rzeszy hitlerowcy wznieśli obóz koncentracyjny w Auschwitz. W nim poniósł męczeńską śmierć św. o. Maksymilian Kolbe i św. Edyta Stein. Podczas okupacji zginęło 34 księży krakowskich i 5 kleryków. I „w ciemną noc okupacji” i po jej zakończeniu abp Sapieha wszystkie swe siły, cały autorytet moralny poświęcił ratowaniu człowieka.
Po śmierci kard. Sapiehy archidiecezją zarządzał wypędzony ze Lwowa abp Eugeniusz Baziak, a po jego internowaniu (1952-56) sufragan sandomierski Fr. Jop jako wikariusz kapitulny krakowski. Nastał okres stalinowskiego reżimu. W 1958 r. po śmierci bp. Stanisława Rosponda nowym biskupem pomocniczym został ks. bp Karol Wojtyła, który z kolei po śmierci abpa Baziaka został arcybiskupem metropolitą krakowskim. Jako metropolita krakowski przeprowadził archidiecezję przez Milenium. Idee Soboru Watykańskiego II przeszczepił na grunt krakowski przez Duszpasterski Synod Archidiecezji Krakowskiej. Dnia 16 X 197 8r.ks. kardynał Karol Wojtyła został papieżem, jako Jan Paweł II. Jego następcą został ks. kard. Franciszek Macharski.
W 1992 r. w ramach nowej organizacji diecezji w Polsce archidiecezja krakowska utraciła dekanaty bielski, żywieckie (2), andrychowski, kęcki i oświęcimski, na rzecz nowoutworzonej diecezji bielsko-żywieckiej, a nowoutworzonej diecezji sosnowieckiej oddała dekanat Jaworzno. W grudniu 1999 r. liczyła 398 parafii i ok. 1.600 tysięcy wiernych.
W XX wieku 10 kościołów zostało podniesionych do godności bazylik mniejszych, a w kilkunastu kościołach wizerunki Matki Bożej zostały ozdobione papieskimi koronami. Wiek XX także można nazwać felix saeculum Krakowa i diecezji krakowskiej. Wymienić należy wyniesionych na ołtarze: św. Rafała Kalinowskiego, karmelitę bosego, który działał w Krakowie, Czernej i Wadowicach (+1907), św. Brata Alberta, założyciela albertynów i albertynek (+1916), bł. Anielę Salawę z Sieprawia (+1922), św. s. Faustynę Kowalską (+1938), bł. Bernardynę Jabłońską, współzałożycielkę albertynek (+1940), czy bł. Piotra Dańkowskiego (+1941). W tym stuleciu erygowanych zostało ok. 250 nowych parafii. W ostatniej ćwierci tego stulecia 6-krotnie archidiecezję krakowską nawiedzał Ojciec św. Jan Paweł II. Podczas ostatniej (1999) powiedział: „Wiele burz dziejowych i wiele prób przetrwał Kościół krakowski w swojej historii. Jeśli zatrzymać się tylko na naszym stuleciu, wiemy, że wpierw oparł się niszczycielskiej sile wojny i okupacji, i mimo bolesnych ofiar zachował swoją godność, nade wszystko dzięki nieugiętej postawie księcia kard. Adama Sapiehy. W powojennym półwieczu Kościół podjął nowe wyzwania, jakie niósł ze sobą totalitaryzm komunistyczny wraz z ateistyczną ideologią. Przetrwał okres prześladowań i nie zatracił siły świadectwa”.
W roku 2005 arcybiskupem metropolitą krakowskim po ks. kard. F. Macharskim, który osiągnął wiek emerytalny, został ks. kardynał Stanisław Dziwisz, długoletni osobisty sekretarz św. Jana Pawła II. Podjął dzieło budowy Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”. Czuwał nad procesem beatyfikacyjnym i kanonizacyjnym św. Jana Pawła II. Do katalogu świętych zostali wpisani m. in. św. Szymon z Lipnicy i św. Stanisław Kaźmierczyk. Do Archidiecezji Krakowskiej przyjął kilka nowych rodzin zakonnych. W 2006 r. w Krakowie podejmował papieża Benedykta XVI, a w roku 2016 papieża Franciszka, który przybył na Światowe Dni Młodzieży do Krakowa.
28 stycznia 2017 r., po tym jak wiek emerytalny osiągnął kard. S. Dziwisz, ingres do katedry na Wawelu odbył obecny arcybiskup metropolita krakowski Marek Jędraszewski. Quem Deus pro bono gregis diutissime incolumen conservet archidioecesi Cracoviensi.