Tradycja Kościołów Stacyjnych narodziła się w pierwszych wiekach chrześcijaństwa, kiedy w Rzymie podczas Wielkiego Postu wierni pod przewodnictwem papieża gromadzili się każdego dnia w innym kościele, związanym z kultem męczenników. 

Pierwszym rzymskim Kościołem Stacyjnym, wybranym przez Grzegorza Wielkiego, jest bazylika św. Sabiny na Awentynie. Każdego roku właśnie tam papież odprawia Eucharystię w Środę Popielcową.

Pielgrzymowanie papieża po rzymskich kościołach nie ograniczało się jedynie do okresu Wielkiego Postu, lecz trwało cały rok, obejmując najważniejsze święta i okresy liturgiczne. Tradycja wielkopostnych Kościołów Stacyjnych była kultywowana w Rzymie aż do początków XIV wieku. W 1979 r. przywrócił ją Jan Paweł II.