W sobotę, 7 czerwca 1997 roku z Ludźmierza na Podhalu św. Jan Paweł II przybył do Łagiewnik. Była to jego pierwsza wizyta w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia jako papieża. Wcześniej przybywał na modlitwę do kaplicy klasztornej Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia jako młody pracownik Solvayu, kapłan, biskup, kardynał… Jak sam wyznał, odwiedził teraz to święte miejsce z potrzeby serca, aby przed łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego i przy relikwiach Siostry Faustyny Miłosierdziu Bożemu zawierzyć losy ludzkości, Kościoła i swój pontyfikat. – Niech miłosierdzie Boże przemienia serca ludzkie. Niech to sanktuarium, znane już w wielu częściach świata, stanie się promieniującym na cały Kościół ośrodkiem kultu Bożego Miłosierdzia – mówił wówczas.
W Sanktuarium Bożego Miłosierdzia zaplanowano uroczystości związane z jubileuszem 25-lecia papieskiej pielgrzymki. W niedzielę, 5 czerwca o godz. 7.00 Mszę święta transmitowaną przez TVP1 odprawi Ksiądz Arcybiskup Marek Jędraszewski, Metropolita Krakowski. W niedzielę o godz. 1530 w Auli św. Jana Pawła II będzie można obejrzeć spektakl „Sekretarka”, którego premiera odbyła się w Teatrze Dramatycznym im. Jerzego Szaniawskiego w Płocku w ubiegłym roku. Monodram w wykonaniu Barbary Misiun powstał na podstawie „Dzienniczka” św. Siostry Faustyny i ukazuje ją w codzienności życia w swojej celi i sali szpitalnej, gdzie spotyka się z Jezusem Miłosiernym, który umacnia ją w prorockiej misji głoszenia światu orędzia Miłosierdzia.
We wtorek 7 czerwca w kaplicy klasztornej o 17.00 zostanie odprawiona Msza święta pod przewodnictwem Księdza Biskupa Jana Zająca, Honorowego Kustosza Sanktuarium Bożego Miłosierdzia. Po Mszy świętej, o godz. 1900 w Auli św. Jana Pawła II zaplanowano koncert „WYŚPIEWAĆ MIŁOSIERDZIE BOŻE” w wykonaniu zespołu GALICJA W DUECIE, czyli Lidia Jazgar – śpiew i Ryszard Brączek – gitara.
Jan Paweł II w przemówieniu wygłoszonym 7 czerwca 1997 roku w Łagiewnikach przypomniał, że „Nic tak nie jest potrzebne człowiekowi, jak miłosierdzie Boże – owa miłość łaskawa, współczująca, wynosząca człowieka ponad jego słabość ku nieskończonym wyżynom świętości Boga” – i dodał, że w tym miejscu uświadamiamy to sobie w sposób szczególny. – „Stąd bowiem wyszło orędzie miłosierdzia Bożego, które sam Chrystus zechciał przekazać naszemu pokoleniu za pośrednictwem błogosławionej Faustyny. A jest to orędzie jasne i czytelne dla każdego. Każdy może tu przyjść, spojrzeć na ten obraz miłosiernego Chrystusa, na Jego Serce promieniujące łaskami, i w głębi duszy usłyszeć to, co słyszała Błogosławiona: Nie lękaj się niczego, Ja jestem zawsze z Tobą (Dz. 613). A jeśli szczerym sercem odpowie ‘Jezu, ufam Tobie!’, znajdzie ukojenie wszelkich niepokojów i lęków” – podkreślił Jan Paweł II.
Ojcu Świętemu pokazano wtedy makietę przedstawiającą plany rozbudowy łagiewnickiego Sanktuarium, na której Jan Paweł II złożył swój autograf /dziś makietę można zobaczyć w holu dolnej Bazyliki/. Pięć lat później – 17 sierpnia 2002 roku – dokonał konsekracji nowowybudowanej Bazyliki i zawierzył w niej świat Bożemu Miłosierdziu.