Powojenna sytuacja polityczna w Polsce nie pozwoliła na szybkie rozpoczęcie procesu kanonizacyjnego. Wystarczy przypomnieć aresztowanie, a potem internowanie biskupów Archidiecezji Krakowskiej: abp. Eugeniusza Baziaka i bp. Stanisława Rosponda. Podobnie było w innych diecezjach Polski. Apogeum było internowanie prymasa kard. Wyszyńskiego. W tę sytuację wpisał się pokazowy proces Kurii Krakowskiej, aresztowanie i wydanie nawet wyroku śmierci na niektórych duchownych. Represje dotykały także wiele osób przyznających się do wiary chrześcijańskiej i przywiązania do Kościoła katolickiego. Te przejawy dyskryminacji, a nawet prześladowania, trwały do końca lat 80-tych minionego stulecia.
W 1980 roku na fali budzącego się ruchu oporu i powstania Niezależnego Samorządowego Związku Zawodowego „Solidarność” zostały podjęte próby rozpoczęcia procesu o męczeństwo proboszcza z Płok. Pierwszym wyraźnym krokiem była ekshumacja i przeniesienie ciała zamordowanego Księdza Michała z Lubnia do Płok.
W latach 1986–1987 krakowski biskup pomocniczy Julian Groblicki, zachęcony przez papieża Jana Pawła II rozpoczął gromadzenie dokumentów i zbieranie świadectw w sprawie męczeńskiej śmierci. Zabezpieczono 21 zeznań świadków naocznych (de visu), którzy wskazywali na heroiczne życie i męczeńską śmierć Księdza Michała.
13 sierpnia 1992 r. – mianowanie ks. Jerzy Mrówczyński CR postulatorem sprawy,
26 listopada 1992 r. – wydanie pozytywnej opinię co do zasadności prowadzenia procesu przez Konferencję Episkopatu Polski,
23 stycznia 1993 r. – kard. Franciszek Macharski zwraca się do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie z prośbą o wyrażenie zgody na prowadzenie procesu,
10 marca 1993 r. – Kongregacja Sprawa Kanonizacyjnych wydaje zgodę Nihil Obstat na prowadzenie procesu,
23 sierpnia 1993 r. – ustanowienie Trybunał diecezjalny,
3 września 1993 r. – odbywa się pierwsza, publiczna sesja Trybunału,
9 listopada 1993 r. – zamknięcie postępowania diecezjalnego i przekazanie akt sprawy do Rzymu,
13 stycznia 1994 r. – otwarcie akt i ich sprawdzenie w celu dalszego procedowania. Stwierdzenie braków formalnych i merytorycznych oraz konieczności uzupełnienia dochodzenia diecezjalnego,
29 września 2005 r. – kard. Stanisław Dziwisz na nowo podejmuje postępowanie. Mianowanie nowego postulatora sprawy ks. Michała Jagosza,
6 stycznia 2006 r. – ustanowienie nowego Trybunał i uzupełnienie postępowania poprzez nową relację Komisji Historycznej, ocenę teologiczną pism Księdza Rapacza i przesłuchanie nowych świadków,
8 lutego 2017 r. – dołączenie do akt sprawy opinii Instytutu Pamięci Narodowej, badającej zbrodnie przeciw narodowi polskiemu,
30 czerwca 2017 r. – zamknięcie postepowania diecezjalnego przez abp. Marka Jędraszewskiego. Przekazanie akt procesu uzupełniającego do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie,
16 marca 2018 r. – Kongregacja potwierdza ważność procesu diecezjalnego,
2018 r. – 2024 r. – w Watykanie poszczególne gremia Dykasterii Spraw Świętych, tj. posiedzenie konsultorów historyków, kongres konsultorów teologów i w końcu kongregacja zwyczajna kardynałów i biskupów wypowiadają się pozytywnie, uznając, że śmierć męczeńska ks. Michała Rapacza została mu zadana z nienawiści do wiary (in odium fidei), co potwierdził dekret podpisany przez papieża Franciszka,
24 stycznia 2024 r. – promulgacja papieskiego dekretu umożliwia beatyfikację Czcigodnego Sługi Bożego ks. Michał Rapacza, męczennika komunizmu,
15 czerwca 2024 r. – ogłoszenie Księdza Michała Rapacza błogosławionym.